법인세 부과처분 적법한지

법인세 부과처분 적법한지

법인세법은 비업무용 부동산 등의 자산을 취득 및 관리하면서 생기는 차입금 지급이자 등의 비용은 당해 사업연도의 소득금액 계산에서 손금에 산입하지 않도록 해 법인세 부과대상에 포함시키고 있지만 업무에 사용하려고 하는 준비기간 등을 고려해 비업무용 부동산이어도 나중에 업무용으로 사용할 예정에 있는 부동산이라면 5년의 유예기간 내에는 세제 혜택을 주고 있는데요.

하지만 유예기간 중 또는 그 이후에 업무용 부동산으로 사용하지 않으면서 처분하는 경우라면 부동산을 취득한 때부터 세제혜택을 소급해 적용하지 않는 조항을 두고 있습니다. 반대로 유예기간이 지난 후 업무용으로 사용하는 경우 5년 동안 세제혜택 인정, 그 이후 기간은 세제혜택은 주지 않는 방식을 따르고 있습니다. 오늘은 이와 관련해 법인세 부과처분 취소를 둘러싸고 벌어진 사건을 하나 살펴보려고 합니다.

부동산매매업 등을 하고 있는 ㄱ사는 서울에 있는 토지를 7년 동안 가지고 있다가 해당 토지를 지주회사 전환을 하면서 설립한 ㄴ사에 이전했습니다. 이에 ㄱ사는 부동산 취득일로부터 5년이 지나기 전에는 과세특례가 적용되고, 유예기간 5년 이후부터 ㄴ사에 이전하기 전까지는 비업무용 부동산으로 과세특례가 적용되지 않는 것으로 법인세를 계산해 세무서에 신고했습니다.

하지만 관할 세무서는 ㄱ사가 토지를 고유업무에 사용하지 않고 보유하다가 유예기간이 지나 양도한 것이라며, 유예기간을 적용하지 않고 토지 취득일부터 양도일까지의 기간 전체를 과세대상으로 봐야 한다는 점을 이유로 173억여원의 법인세를 부과했습니다. 이에 ㄱ사는 일반법인과 달리 부동산매매업을 주업으로 하는 법인인 만큼 재고자산인 부동산을 양도하는 것은 업무에 직접 사용한 것이라고 주장하며 법인세 부과처분 취소소송을 제기했습니다.

1심은 ㄱ사의 손을 들어주었지만 2심은 그렇지 않았습니다. 법인세법 시행규칙 단서에서 양도의 개념에 '부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 매매용부동산을 양도하는 경우'를 명시적으로 제외하고 있지 않음에 따라 ㄱ사가 토지를 취득한 때로부터 물적분할일까지의 기간을 업무와 관련이 없는 보유 기간으로 본 세무서의 처분은 적법하다고 보았기 때문이죠.

하지만 대법원은 ㄱ사가 세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송에서 원고패소 판결한 2심의 판결을 깨고 사건을 돌려보냈습니다.

대법원은 법인세법령은 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인이라면 일반 법인과는 다르게 부동산을 매매하는 것 자체가 법인의 업무에 해당한다는 특성을 고려해 여러 특례규정을 두고 있고 그에 따라 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 부동산매매용 토지를 양도하는 것 자체를 법인의 업무에 직접 사용한 것으로 봐야 한다고 보았습니다.

부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 부동산을 취득한 다음 유예기간이 지난 후 물적분할 등을 통해 양도한 경우는 법인세법 시행규칙 제26조 9항 단서의 '업무에 사용하지 않고 양도하는 경우'에 해당하지 않는다는 사실에 따라 부동산 취득일부터 양도일까지의 기간 전부가 아니라, 본문에 따라 유예기간이 지난 다음날부터 양도를 통해 직접 사용하기 전까지의 기간만이 업무와 관련이 없는 기간에 해당한다는 판결이었습니다.

법인세 부과처분 문제를 둘러싼 분쟁 사례를 살펴보았습니다. 부동산분쟁으로 곤경을 겪고 있다면 언제든 이주헌변호사와 손을 잡아 적절한 대책을 마련해보시기 바랍니다.